Windows ME je upgrade na Windows 9x a většina softwaru pro Windows 95 a Windows 98 bude pracovat s Windows ME. Říkáme „většinu“, protože software, jako je antivirový program nebo jakýkoli jiný nástroj určený pro Windows 9x, nebude fungovat (nebo nebude fungovat dobře) ve Windows ME. Struktura souborů a konfigurační soubory se ve Windows ME mírně změnily. Hry, programy a další software však budou fungovat ve Windows ME. Pokud software nefunguje, měl by mít aktualizaci, která mu umožní pracovat.