Poslední samostatná verze systému MS-DOS je 6.22. Microsoft Windows 95 a 98 zahrnoval verzi MS-DOS známý jako 7.0. MS-DOS 7.0 lze použít v systému Microsoft Windows, ale nelze jej zakoupit jako samostatnou verzi.

Příkazový řádek systému Windows (MS-DOS 7.0) je schopen spustit mnoho příkazů dostupných v předchozích verzích systému MS-DOS. Některé příkazy však již nejsou k dispozici v systému MS-DOS 7.0. Pokud příkaz není k dispozici v systému MS-DOS 7.0 (Windows 95 a vyšší), může být stále odkazován na stránce nápovědy MS-DOS. Navíc pokud příkaz není k dispozici v systému MS-DOS 7.0 je žádná metoda získání starší příkazy MS-DOS pracující v systému MS-DOS 7.0.