Protože každá verze systému MS-DOS a Windows je jiná, mnoho externích příkazů, které tyto programy nebudou kompatibilní. Pokud tedy chcete použít určitý externí příkaz, budete muset najít nástroj třetí strany, který vám tuto funkci poskytne.

Mnoho jednotlivců a společností, které vytvořily příkazy MS-DOS příkaz k provádění nových funkcí. Kromě toho existují některé programy schopné provádět úkoly, které nejsou normálně možné s příkazem MS-DOS. Provádění vyhledávání na libovolném populárním vyhledávacím nástroji pro příkazový řádek, stahování nebo okna a stručný popis toho, co hledáte. Například, hledání "Windows příkazové řádky pro editaci souborů" by našlo editory příkazového řádku Windows.

Poznámka: Některé příkazy mohou fungovat, pokud jsou zkopírovány přímo z jiného počítače se systémem Windows nebo MS-DOS, který tento příkaz podporuje. To se však nedoporučuje kvůli problémům s kompatibilitou a právním otázkám.